עסקת קומבינציה טיפוסית היא למעשה, עסקת חליפין, שבה בעל המקרקעין מוכר חלק מהמקרקעין (קומבינציה מסוג "מכר חלקי") תמורת קבלת שירותי בנייה מהקבלן על חלק המקרקעין שנותר בידי הבעלים (אפשר שבעסקת הקומבינציה ישולמו כספים מבעל המקרקעין לקבלן, או שהקבלן ישלם כספים ו/או תשלומים נוספים לבעל המקרקעין).

 

כאשר המקרקעין הוחזקו על ידי הבעלים כהשקעה הונית (ולא כמלאי), הרי על מכירת חלק מהמקרקעין לקבלן במסגרת עסקת הקומבינציה יוטל מס שבח,ואילו הקונה (הקבלן המתחייב לתת שירותי בנייה לבעל המקרקעין על חלק המקרקעין שלא נמכר לקבלן), חייב במס רכישה.

 

שווי המכירה של חלק המקרקעין שנמכרו יהיה בהתאם לשווי שירותי הבנייה (הוראת ביצוע מיסוי מקרקעין 23/98).

 

אם העסקה נישומה לפי חוק מיסוי מקרקעין (כאשר הנכס היה מוחזק על ידי הבעלים כנכס הוני), הרי שיום אירוע המס הוא יום החתימה על הסכם הקומבינציה, אולם ניתן היה לדחות את מועד תשלום מס השבח בהתאם להוראות סעיפים 51 ו- 91 א לחוק מיסוי מקרקעין).

 

רשות המיסי הביעה את עמדתה בחוזר מס הכנסה 36/88 מיום 15/2/1989, שלפיו במקרים מסוימים של התקשרות בין קבלנים בעסקת קומבינציה, שבהם ביצוע העסקה מותנה בקרות אירוע מסוים התלוי בגורמים חיצוניים, כגון אישור תוכנית בניין ערים, אישור שינוי ייעוד בקרקע ועוד, הרי אז ייתכנו מקרים שבהם רשות המיסים תאפשר, עקב תנאים מתלים אלה, לדוחות את תשלום המס למועד מאוחד יותר. לצורך כך יש לפנות במכתב מתאים לפקיד השומה שבו מתנהל התיק של החברה המוכרת.

 

מבחינת מועד החבות במע"מ, סעיף 28 לחוק מע"מ קובע כי:

 

(ב)   בעבודות בניה חל החיוב במס עם השלמת העבודה או העמדת המקרקעין שבהם
        נעשתה העבודה לרשות הקונה או לשימושו, לפי המוקדם, הועמד חלק
         מהמקרקעין לרשות הקונה, חל החיוב לגבי אותו חלק מאותה שעה.

 

לכן, מועד החיוב במע"מ בגין שירותי הבניה בעסקת הקומבינציה הוא ביום מסירת החזקה במגרש לקבלן, שאמור לתת שירותי בנייה, או אם ישולם לבעל המקרקעין סכום כלשהו על חשבון התמורה, לפי המוקדם.

 

(יש לקבוע בהסכם הקומבינציה מי ישלם את המע"מ על שירותי הבניה: הקבלן, בעל הקרקע, או שניהם בחלוקה כלשהי!).

 

אולם אם המקרקעין אינם "מלאי עסקי" ואינם "רכוש קבוע", אלא נכס השקעתי שהוחזק לזמן ארוך, ובהנחה שמס התשומות לא נוכה בגינו – אזי חלק מהמקרקעין לקבלן אמנם חייבת במע"מ מכוח חלופה שלוש להגדרת "עסקה" (עסקת אקראי במקרקעין), אולם החייב במע"מ הוא הקבלן הרוכש מכוח תקנה 6ב לתקנות מס ערך מוסף, התשל"ו – 1976, אשר ידווח על עסקה בחשבונית מס עצמית, ובמקביל הוא זכאי לנכות את מס התשומות הכלול בחשבונית זו (בהנחה שהמקרקעין שרכש ישמשו אותו בהפקת הכנסות החייבות במע"מ, ראו סעיף 41 לחוק מע"מ).