חובת ניכוי המס במקור הורחבה לכל החברות והעסקים החייבים בניהול ספרים בשיטה הכפולה. חובת הניכוי במקור הינה מכל תשלום שמשלם העסק (שירותים או נכסים).

יודגש כי, על פי פקודת מס הכנסה, אי ניכוי מס במקור, במידה ונדרש לעשות כן, עלול לשלול את התרת ההוצאה.

הניכוי הנדרש הינו בד"כ בשיעור של 30% ובמקרים מסוימים 20%.

במידה ומקבל התשלום מציג אישור מפקיד השומה לניכוי בשיעור מופחת או לפטור מניכוי מס במקור, יש לנהוג בהתאם לאמור באישור.

תשלום בעד נכס או שירות לספק "חד פעמי" בסכום שאינו עולה על סך של  4,080 ש"ח אינו מתחייב בניכוי מס במקור.

לפני ביצוע הניכוי במקור יש לבדוק אם סוג התשלום נופל בגדר אחד הצווים  הקובעים חובת ניכוי במקור לענפים ספציפיים כגון: בניה, הובלה, הלבשה, חשמל, שכר סופרים, ריבית, אלקטרוניקה, ביטוח ועוד אם כך -  יש לנהוג לפי הצו הספציפי.

נזכיר כאן את החובה לנכות מס במקור מתשלומים בעד דמי שכירות עיסקיים.